Mustafa Kemal Atatürk ve Heyet-i Temsiliye tarafından 2 Eylül-18 Aralık 1919 tarihleri arasında "Milli Mücadele Karargâhı"olarak kullanılan bina Cumhuriyet tarihimizde çok önemli ve müstesna bir yer tutmaktadır.
Binanın 12 Rebiül-evvel 1310 H (5 Ekim 1892) tarihinde Sivas Valisi Mazlum Paşazade Mehmet Memduh Bey tarafından Mülki İdadi Binası olarak yaptırıldığını belirten dört satırlık kitabe, halen Sivas Müzesi'nde bulunmaktadır.
XIX. yüzyılın Geç Osmanlı Dönemi sivil mimarlık örneklerinden biri olan yapı, üç katlı ve iç avluludur. Dış cephelerinde taş, iç mekânlarda ise ahşap ana malzemedir.
Mustafa Kemal Atatürk ve arkadaşlarına üç buçuk ay süre ile resmi karargâh olarak tahsis edilen bina; Sivas Kongresi içtimalarının burada yapılmış olması, Anadolu'daki Milli Mücadele hareketinin teşkilatlandırılarak millet iradesinin her türlü baskının, kişi ve zümre idaresinin üstünde olduğunun bütün dünyada ispatlanması ve Cumhuriyet yönetiminin temellerinin burada atılmış olması ile tarihi bir hüviyet kazanmıştır.
Sivas Kongresi'ne ondokuz vilayeti temsilen otuz iki üye katılmıştır,ancak illerden seçilerek kongreye sonradan dahil olan delegeler nedeniyle bu sayılar değişiklik göstermektedir.
Yapıldığı tarihten itibaren okul binası işlevini sürdüren yapı; İdadi, Sultani, Sivas Lisesi, Kongre Lisesi adları ile anılmıştır. 1930 yılındaki bir tadilatta doğu cephesindeki esas giriş batı cephesine alınmış, çatısı sacla kaplanmıştır.
1981 yılına kadar lise olarak hizmet veren binanın, Cumhurbaşkanı Kenan Evren'in direktifleriyle müze haline getirilmesi planlanmıştır. 1984 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı'na devredilen Kongre Binası; Bakanlığımızın Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü'nce aynı yıl başlatılan müze amaçlı restorasyon ve teşhir ve tanzim çalışmaları sonucunda; bodrum kat depoların, laboratuvar ve fotoğrafhanenin yer aldığı mekânlar olarak; zemin kat Etnografya Müzesi; üst kat ise Atatürk ve Kongre Müzesi olarak düzenlenmiştir.
Mustafa Kemal Atatürk ve Heyet-i Temsiliye'nin bir müddet karargâh olarak kullandıkları binanın müsamere salonunda, 4-12 Eylül 1919 tarihleri arasında Sivas Kongresi'nin içtimaları yapılmıştır.
Tarihi Kongre Salonu ve Atatürk'e ait çalışma ve dinlenme odası, kongrenin yapıldığı günlerdeki hali ile muhafaza edilmektedir.
